Initium sapientiae cognitio sui ipsius.

「イニティウム・サピエンティアエ・コグニティオー・スイー・イプシーウス」と読みます。
initium は「始まり」を意味する第2変化名詞initium,-ī n.の単数・主格です。（イニシャルの語源です。TaroのイニシャルはTですが、Taroの綴りの「始まり」に当たるため）。この文の主語です。
sapientiae は、「知恵」を意味する第1変化名詞 sapientia,-ae f. の単数・属格で、initium にかかります。「知恵の（sapientiae）始まりは（Initium）」。
cognitiō は「知ること、認識」を意味する第3変化名詞cognitiō,-ōnis f.の単数・主格です。文の補語に当たります。動詞estを補います。「知ること（cognitiō）である（＜est＞）」。
suī は3人称の再帰代名詞suī（自分）の男性・単数・属格です。ipsīusにかかります。
ipsīus は強意代名詞 ipse,-a,-um（自ら、自身）の男性・単数・属格で、cognitiōにかかります。「自分（suī）自身の（ipsīus）知ること（cognītiō）である（＜est＞）」。
これだと日本語の意味がよくわかりません。「の」を「を」に変えると意味がスッキリします。「知恵の始まりは自分自身を知ることである」となります。
このipsīusのような属格のことを、「目的語的属格」と呼びます。「AのB」は「AをBすること」と言い換えられます。
amor deīは「神の愛」と訳せますが、「（人間が）神＜を＞愛すること」を意味します。ただしこのamor deīのdeīはやっかいで、「神が（人間を）愛すること」とも解釈できます。その場合、deīは「主語的属格」とみなされます。